不切实际的政治纲领太平天国以拜上帝教作为思想武器，称“天下多男子，尽是兄弟之辈，天下多女子，尽是姊妹之群”，描绘了一个人人平等，丰衣足食的美好社会。这对饱受压迫和剥削的劳苦大众起到凝聚人心的作用。但在定都天京后领导层迅速腐化堕落，脱离了广大群众，还搞起了封建世袭和森严的等级制度那一套，和封建王朝相比过犹不及。

​天京事变血腥的自相残杀严重动摇了教徒的信仰，拜上帝教失去了原本神秘的光环。人人平等的美好画面始终没有出现，与之相反的是利益集团疯狂弄权敛财，而太平天国又提不出一个全新的符合广大群众利益的纲领， 逐渐失去了广大群众的支持。

虚无缥缈的经济纲领太平天国先后颁布了《天朝田亩制度》、《资政新篇》等纲领性文件，提出了一些看似美好，实则望梅止渴的设想，号称要建立一个 “有田同耕、有饭同食、有衣同穿、有钱同使、无处不均匀、无人不饱暖”的绝对平均主义社会。这些口号起义之初的确吸引眼球，但经过一段时间的实践后，民众们并未从中得到一点好处和实际的利益。太平天国实际上实行的政策依然是地主占有土地，而农民则依原有的租佃关系照旧交粮纳税的老样子。文件提出的设想完全脱离当时的社会实际，根本无法实现。

肆无忌惮的摈弃传统文化 太平天国对中国传统文化进行了无差别的摧毁。拜上帝教与本土儒家思想的严重对立，太平天国信对传统知识分子和文化极尽摧残之能事，打砸孔庙，焚毁儒家文化书籍，阅读、收藏、买卖传统文化书籍则都要处以极刑。太平天国虽然也举行科举考试选拔人才，但考的都是些与传统文化毫不相干的拜上帝教内容，如此粗暴摒弃儒家思想的做法使知识分子心惊胆寒，纷纷逃离太平天国。 太平天国内人际关系也简单粗暴到“非我即敌”，只要不信奉太平天国生活方式的，都是要被镇压的“清妖”，原来色彩斑斓的世界被他们人为分成了只有黑白两色。

破坏人伦太平天国自金田起义开始，就实行严格的男女隔离的措施，分营、禁欲乃至拆散家庭，“男有男行，女有女行，不得混杂”。即使是丈夫探看妻子，儿子探视母亲，也“只宜在门首问答，相隔数武（步）之地，声音务要响亮”。就连洪秀全的儿子幼天王，都不准与母亲和姐妹见面，幼天王也只能趁洪秀全上朝时才能偷偷地溜出去，与自己的母亲姐妹见上一面。幼天王尚且如此，普通家庭的情况可想而知。原本温馨的家庭和人伦情怀，都在太平天国冰冷的统治之下瓦解。而太平天国的高层统治者如天王洪秀全、东王杨秀清等人则妻妾成群，荒淫无道。这种违背人性、破坏人伦的制度，搞得太平天国上下怨声载道，幸好这个制度在 1855年后被取消了，总算有所进步。

太平天国在政治、经济、文化纲领上的局限性以及泯灭人性的思想禁锢，都是其走向灭亡的重要原因。